1943' den itibaren ilk sololarını düzenlemeye başladı : "Totem Ancestor", "Mysterious Solo", "Untitlet Solo". Birçok Amerikan topluluğuna, öğretmen ve dansçı olarak (1948-49-51), yabancı ülkelere de öğretmen olarak çağrıldı (Meksika, 1956).
1952' de kendi topluluğunu kurdu. Bundan sonra, tekniğini ve yeni jestler yaratma gücünü geliştirdi. Danstaki hareketleri, duyulmamış seslerle (gürültüler, manyetik şerit montajları) belirtme yolunu uyguladı. Amerikalı bestekâr John Cage ile çalıştı. Dekoratör Robert Rauschenberg'i yanına aldı.
Şu eserleri meydana getirdi : "Minutiae (1954)", "Variations (1956)", "Suite for Five (1958)", "Antic Meet (1958)", "Story (1963)", "Winterbranch (1964)", "How to Pass (1965)", "Rick (1965)", "Fall and Run (1965)", "Place (1966)".
1966' da Paris'de, Milletlerarası Dans festivaline katıldı. Aynı yıl 6. Balanchine kendisinden New York Şehir balesi için, 1958' de yazılmış olan "Summerspace"i sahneye koymasını istedi. Merce Cunningham, 2009' da New York'da vefat etti.
