Türkiye'ye dönünce; Tıp fakültesi 1. Kadın-doğum kliniğinde uzman hekim olarak vazife yaptı. 1951' de doçent oldu. Zeynep Kâmil hastanesinde klinik şefliği ve başhekimlik yaptı. Bu hastanenin büyüyüp gelişmesine katkı sağladı (1952-68).
27 Mayıs 1960' dan sonra, Yassıada mahkemesinde yargılandı ve beraat etti (1963). İstanbul Belediye Başkanlığı'na seçildi (1968-73). Fahri Atabey, 1994' de İstanbul'da vefat etti.
Bazı eserleri : "Kadınlarda Görülen Erkekleşme Sendromu (1951)", "Jinekolojide 17-Ketosteroidlerin Önemi (1952)", "Doğum ve Jinekoloji (1954)"
