İstanbul'a dönüşünde gazetecilik alanında çalıştı. "Resimli Ay", "Resimli Hafta", "İnci" dergilerinde yazılar yayınladı. Resim, karikatür, dergi kapakları çizdi.
Yazılarından birinde; asker kaçaklarının muhakeme edilmeden idam edilmesini tenkit ettiği için Bodrum'a (Muğla) sürüldü (1925). 3 yıllık cezasının yarısı affedildiği halde buradan ayrılmadı. Bodrum'un eski adı olan Halikarnas'ı "Halikarnas Balıkçısı" şeklinde benimseyerek kendine takma ad olarak aldı.
Bir yandan balıkçılık, süngercilik, meyve yetiştirme gibi işlerle uğraşırken, diğer yandan "Halikarnas Balıkçısı" adıyla yazı ve hikâyeler yayınladı, tercümeler yaptı. Sonradan İzmir'e yerleşti.
Hikâyelerinde; deniz ve denizden ekmeğini çıkaran insanların hayatını konu olarak işledi. "Gündüz" hikâyeler dergisi, "Tan", "Cumhuriyet" gazetelerinde kendi resimlediği bu tür hikâyeleriyle ün kazandı.
Ege kıyıları mitolojisi ve denizci deyimleriyle işlediği hikâyelerini daha sonra roman çerçevesinde ele alarak dil ve kuruluş yönünden pek başarılı sayılmayan, fakat konusu yönünden özgün eserler yazdı. Turizm Bakanlığı tarafından "Batı Ön Asya Medeniyeti (The Civilization of Western Asie Minör)" adlı ilmî bir araştırma hazırlamakla görevlendirildi. Cevat Şâkir Kabaağaçlı, 1973' de İzmir'de vefat etti.
Eserleri : "Ege Kıyılarından (hikâyeler - 1939)", "Aganta Burina Burinata (roman - 1946)", "Merhaba Akdeniz (hikâyeler - 1947)", "Ege'nin Dili (hikâyeler - 1952)", "Yaşasın Deniz (hikâyeler - 1954)", "Ötelerin Çocuğu (roman - 1956)", "Gülen Ada (hikâyeler - 1957)", "Mavi Sürgün (hatıralar - 1961)", "Uluç Ali Reis (roman - 1962)", "Turgut Reis (roman - 1966)", "Deniz Gurbetçileri (roman - 1969)", "Anadolu Efsaneleri (inceleme - 1954)", "Anadolu Tanrıları (inceleme - 1955)", "Anadolu'nun Sesi (1971)", "Hey Koca Yurt (1972)", "Ege'den (1972)", "Gençlik Denizlerinde (1973)".
