Recaizade Ekrem ve yeni edebiyat taraftarlarının "Malûmat" dergisi çevresinde toplanan yazarlarla giriştiği tartışmalar sırasında Servet-i Fünun, Recaizade Ekrem'in tavsiyesiyle Tevfik Fikret'in yönetimine geçti (1896). Recaizade Ekrem'in "Araba sevdası" (258-291. sayılar) romanıyla Edebiyatı Cedide akımının başlıca eserlerinden Halit Ziya'nın "Mai ve siyah" (273-317. sayılar) ve "Aşk-ı memnu"su (413-479. sayılar) bu dergide tefrika edildi. Hüseyin Cahid (Yalçın), Cenab Şahabeddin, Mehmed Rauf, Ahmed Şuayib gibi yazarların yazıları sürekli olarak yayınlandı.
Tevfik Fikret, Ahmed İhsan ile anlaşmazlığa düşünce, derginin yönetimine Hüseyin Cahid getirildi, fakat dergi Fikret'in düzenlediği biçimde kaldı. 553. Sayıda Hüseyin Cahid'in fransızcadan çevirdiği "Edebiyat ve hukuk" adlı makale sebebiyle dergi 3.10.1901' de kapatıldı. Makalede, o sıralarda bahsi yasak konulardan olan Fransız devriminden söz ediliyordu.
22.11.1901' de dergi tekrar çıkarılmaya başlandı, fakat şüpheye kapılan devlet yönetimi edebiyat yayınlarını yasakladığı için; "fennî müsahabeler", "arıcılık", "yemeklerde kalori miktarı" gibi konularla yetinildi. Bundan sonra dergi, Ahmed İhsan'ın vefatına kadar aralıklı olarak çıktı. Bir ara ismi "Uyanış"a çevrildiyse de çok sürmedi tekrar ilk adına döndü.
2. Meşrutiyet'in ilânından sonra ve 1. Dünya savaşı başlarında iki kere günlük olarak da çıkan Servet-i Fünun, 2275. sayısını (50. yıldönümü) yayınladı.
