VÜCUDUN antijen (vücudun önceden tanımadığı, yabancı) etkisi olan maddelerle karşılaştığı zaman bağışıklık tepkisi (reddetme, yoketme çalışmaları) geliştirememesine "bağışıklık toleransı" denilir. Bağışıklık sistemi genellikle vücudun kendi bileşenlerine (organ, dokular vb) karşı tepki vermez. Bunun sebebi olarak, vücudun kendisine karşı tepki veren ilkel lenfositlerin doğumdan evvel yok edildiği görüşü ileri sürülmüştür.
Bazı durumlarda, vücudun kendi dokularına karşı tepki vermesini engelleyen kısıtlamalar yetersiz kalır ve bunun neticesinde "romatoit artrit" gibi özbağışıklık hastalıkları ortaya çıkar. Vücut bu hastalıklarda kalp kası, göz merceği, eklem kıkırdağı gibi kendi dokularına karşı, bir antijene verdiği tepkiyi verir ve doku yıkımına yol açar. Ayrıca, bu kısıtlamaların yetersizliği vücudu enfeksiyonlara yatkın hale getirir.
