Lâtin istilâsı sırasında çok harap olan manastır ve kilise, 2. Andronikos zamanında, Büyük Logothetes Theodoros Metokhites tarafından tamir ettirildi ve yapıya bir dış narteks ile kuzeyindeki dar geçit ve güneyindeki parakklesion ilâve edildi (1313).
Binanın 12. yy.'dan kalma olduğu anlaşılan kısmı, dört geniş kemere oturan bir kubbeyle örtülü kiborion şeklinde bir naos, bunun doğusundaki bema ve yarım daire planlı apsis'ten ibaret olan esas bina ile batısındaki iç narteks'tir. Narteks, kemerlerle dört bölüme ayrılmıştır. Bunların uçta olan iki tanesi birer kubbeyle örtülüdür.
 |
| Papazlar ve Meryem (14. yy. mozaiği) |
Esas kilisenin etrafına 14. yy. başında yapılan ilâvelerden güneydeki, kendi başına bir mimarî bütün olan ve üzeri kısmen bir kubbeyle, diğer kısımları tonozlarla örtülü, tek nefli, tek apsisli bir parakklesiondur. Kuzeydeki ilâve daha önemsizdir ve dar bir dehlizden ibarettir.
Gene aynı tarihlere ait olan dış narteks, binanın batı kısmını sınırlar ve köşede parakklesion ile birleşir. Binanın farklı zamanlarda yapılmış olan kısımları özellikle apsis cephesinde farkedilir. Parakklesion'un bütün cephelerinde Son Bizans devrine has hareketli ve renkli tuğla-taş işçiliği dikkati çeker.
Bugün mevcut mozaiklerin çoğu Son Bizans devrinin başlarına (14. yy'ın ilk yarısına) aittir. Dış nartekste Hz. İsa'nın hayatı, iç nartekste ise Hz. Meryem'in hayatıyla ilgili sahneler tasvir edilmiştir. Bunlardan başka, iç nartekste Khalke İsa'sı panosunda İsa, Meryem, prens İsaakios, Komnenos ve Palaiologos'lardan bir prenses, Theodoros Metokhites'in İsa'ya kilise maketini takdim ettiği vakıfçı panosu, dış nartekste Pantokrator İsa, ayrıca kemer ve kubbe içlerinde Tevrat'ta anılan peygamberler ile Hristiyan azizleri tasvir edilmiş, çok ilgi çekici dekoratif bordürlerle sahneler birbirlerinde ayrılmıştır. Naostaki mozaiklerin en önemlisi, Meryem'in ölümü (Koimesis) sahnesidir.
Mozaik ve freskler, o devrin Bizans resim sanatının en ilginç örneklerindendir. Oldukça iyi bir perspektif anlayışı, derinlik fikri, figürlerin hareket ve plastik değerlerinin verilişi ve figürlerdeki dikkat çeken uzama, bu üslûbun tipik özellikleridir.
Kariye kilisesi, İstanbul'un fethinden sonra Hristiyanların elinde kaldı. Daha sonra 2. Bayezid'in vezirlerinden Atik Ali Paşa tarafından camiye çevrildi. Bu sırada mozaik ve fresklerine dokunulmadı ve bunlar uzun müddet açık bırakıldı.
Kariye Camii 1765 yılında önemli bir tamir gördü. Daha sonra mozaik ve fresklerinin bir kısmının üzerine camiye ek olarak Beşir Ağa tarafından okul ve imaret yaptırıldı. Cumhuriyet devrinde, önce Vakıflar idaresince tamir edildi; daha sonra Amerikan Bizans Enstitüsü tarafından restore edildi ve incelendi. Kariye Camii, Ayasofya Müzesine bağlı olan bir müzedir.
