Ana toprağa varıldıktan sonra küçük bir alanda 1. ve 7. yapı katıyla karşılaşıldı. Bu kat da "seramiksiz neolitik" devri ihtiva eder. Araştırılması bitmeden bırakılan bu yapı katlarında, kerpiçten yapılmış, döşemeleri kırmızı boyalı bina kalıntıları, bir avluda toplanmış ocak ve fırınlar bulundu. Seramiklere rastlanılmadı. Taş âlet yapımı da çok fakirdi.
Bu katta vücudundan ayrılmış kafatasları bulunması dikkat çekicidir. En çok 7. katta rastlanan bu kafatasları, evlerin tabanına dik olarak oturtulmuş ve çevrelerine de küçük taşlar dizilmiştir. Bu geleneğe, Filistin, Eriha'da rastlanmış olması, bu iki merkez arasında bir bağlantı olduğunu gösterebilir. Hacılar'daki "neolitik" katlar MÖ 6700-6400 tarihlerine aittir.
Hacılar'ın "geç neolitik" devre ait olan 6. ve 9. katlarında dört ayrı mimarî safha tespit edildi. 6. katın üzerinde kalın bir yangın tabakası görüldü. Bu katta sekiz ev tespit edildi. Taş temeller üzerine oturan kerpiç duvarlı evler dikdörtgen planlıdır. Duvarların kalınlığı ortalama 1 m' dir. Duvarlar beyaz badanayla sıvalıdır. Kapılar, daima dikdörtgenin uzun kenarına açılmıştır. Her evde bir ocak ve odalarda taş sedirler vardır, tavanlar düzdür.
"Geç neolitik" devre ait olan katlarda, bol sayıda hububat taneleri ve bunları biçmek için yapılmış taştan oraklar bulundu. Elde yapılmış ve çok iyi pişirilen seramik ileri bir teknik gösterir. En önemli buluntular, pişmemiş kilden yapılan figürinlerdir. Sayıları 30' dan fazla olan bu heykelciklerin hemen hepsi "Ana tanrıçayı" tasvir eder. Bu kültür katı MÖ 5700-5600 tarihlerinde ortadan kalkar.
Höyüğün üst tabakalarını teşkil eden 1. ve 5. katlar, "Erken kalkolitik" devre aittir. Bunlardan 2. ve 5. katlar birbirinin aynısıdır; 1. kat farklılık gösterir. 2. katta tapınak olarak adlandırılan büyük bir bina topluluğu bulundu. Binanın 35 x 70 metre ebadında dikdörtgen planı vardır. Bu katta elde edilen küçük bulgular arasında seramikler önemli yer tutar. Büyük kısmı derince olan kaplar, astarlı ve koyu renkli bezemelerle süslüdür.
1. ve 2. katlar arasında kalın bir yangın tabakası vardır. 1. kattaki yerleşme 150 m çapında bir alana yayılmıştır. Etrafı 2,5 m kalınlığında yuvarlak bir surla çevrilidir. Sura bitişik olarak yapılan evler kare veya dikdörtgen planlıdır. Surun üzerindeki küçük bir kapıdan avluya girilir. Evlerin kapıları olmadığı için, giriş-çıkışın tavandan yapıldığı sanılıyor.
Anadolu'nun bu devre ait en müstahkem şehirlerinden olan Hacılar I, MÖ 4750 yıllarında tahrip edilmiştir. Hacılar buluntuları, Ankara Anadolu Medeniyetleri müzesinde ve Burdur müzesinde sergilenmektedir.
