VÜCUDA giren mikropların yol açtığı duruma "enfeksiyon" denilir. Çeşitli yollardan vücuda girebilen mikroplar daha sonra çoğalarak vücut yapılarına saldırırlar. İnsana enfeksiyonların çoğu, enfeksiyon taşıyan başka insanlardan geçer.
Bulaşma; doğrudan temas yoluyla, eşya, su, gıdalar vasıtasıyla veya sivrisinek, tatarcık gibi ara konak işlevi gören başka organizmalar vasıtasıyla olabilir. Daha az sayıda enfeksiyon insana hayvanlardan veya topraktan bulaşır.
Enfeksiyon genellikle dış kaynaklı olmasına rağmen, bazı enfeksiyonlar ise iç kaynaklıdır. Yani enfeksiyon yapan mikroplar vücudun içindedir. Meselâ ağız boşluğunda, bronş mukozasında, bağırsakta mikroplar bulunur. Bu mikroplar vücut direncinin düşmesi gibi bazı özel şartlarda dokulara saldırabilirler.