Önce Murzuk'a, oradan Kanem'e ve o zamana kadar (4 Şubat 1823) Avrupalı yüzü görmemiş olan Çat gölüne, nihayet Bornu'nun başşehri Kuka'ya geldi. Buradan Oudney ile batıya yöneldi.
Sokoto'ya (Nijerya) uğradı. Kuka ve Sahira'dan dolaşarak geri döndü (Ocak 1825). Sonra tekrar Orta Afrika'ya yola çıktı. Dahomey'de Lagos nehrinin bir kolu olan Oudiah'dan hareket ederek Kano'ya geldi (Temmuz 1826).
Sonra Sokoto'ya döndü. Hugh Clapperton 1827' de (yaş 39) bu şehrin yakınlarında dizanteri hastalığından vefat etti.
