Uluğ Bey'in kurduğu rasathaneye müdür oldu (1421), ve onun "Zîc" adlı eserine (yıldızların yer ve hareketlerini gösteren cetvel) yardım etti.
"Gürganî" tahtında oturan Uluğ Bey, oğlu Abdüllâtif'in ihanetiyle öldürülünce (1449) Ali Kuşçu, Semerkant medreselerindeki derslerine son verdi ve "hacca" gitmek üzere Tebriz'e geldi (1450). Tebriz'de Akkoyunlu hükümdarı Uzun Hasan, kendisine çok itibar etti ve yanında alıkoydu.
Uzun Hasan bir ara, Osmanlılar'la barış konuşmalarını yürütmek üzere Ali Kuşçu'yu elçi olarak 2. Mehmed'e (Fatih Sultan Mehmed) yolladı. Ünlü bilgine hayran kalan 2. Mehmed, kendisinden İstanbul'da kalmasını rica etti. O da bu davete ancak, elçilik vazifesini bitirdikten sonra icabet edebileceğini söyledi.
Ali Kuşçu, Tebriz'e döndü, bir müddet sonra ailesini alarak İstanbul'a geldi. Osmanlı-Akkoyunlu sınırında büyük bir törenle karşılandı. Ayasofya medresesine müderris oldu. Ali Kuşçu, 1474' de İstanbul'da vefat etti.
Çalışmaları iki yönde gelişmişti; "kelâm ve dilbilgisi", "riyaziye ve heyet". Kelâm, dilbilgisi ve Nâsırıüddin-i Tusî'nin "Tecrid-ül Kelâm" adlı kitabına ve kadı Adudüddin'in "Risale-i Adüdiye"sine yaptığı yorumlar ve özellikle "Unkud-üz Zevahir fi Nazm-ül Cevahir" adlı eserleri mühimdir.
Astronomi konusunda ise Farsça yazdığı "Risalet-ül fi'l Hey'et" başta gelir. Eser bazı ilâvelerle Arapçaya çevrildi. Ali Kuşçu bu nüshaya "Risalet-ül Fethiye" adını vererek Fatih'e sundu. Ayrıca Uluğ Bey'in "Zîc" ine yaptığı yorum, en mühim yazılarındandır.
Ayrıca, "Mahbub-ül Hamail fi Keşf-il Mesâil" adlı ansiklopedik bir eseri daha vardır. Devrinde, İstanbul medreselerinde matematik ve astronomi çok gelişmiştir.
