1251' de Oxford'a dönerek; "De Speculis", "De Mirabili Potestate Artis et Naturae", "Metaphysica", "De Multiplicatione Specierum", "De Computo Naturali" adlı kitapları yazdı. 1257' de ders vermesi yasaklanınca, Paris'e döndü.
1265' de papa olan koruyucusu 4. Clemens, kendisinden eserlerinin bir kopyasını istedi. Bacon, o devrin bilginlerini ele alan "Communia Naturalium" adlı eserini hazırlamaya başladı ise de, bunu yarıda bırakarak, "Opus Majus (1267-68)"u yazdı. Bu eseri, "De Multiplicatione Specierum", "Opus Minus", ve "Opus Tertium" adlı kitaplarla beraber papa'ya gönderdi.
Daha sonra başka eserler ve bu ara, "Compendium Studi Philosophiae" adlı eseri yazdı. Eserleri, Fransiskenler'in başı olan Ascoli'li Gerolamo tarafından, çağdaşı Dominikenler'den bazılarına, bu arada Albertus Magnus ve Aquino'lu Tommaso'ya yönelttiği hücumlar dolayısıyla tehlikeli görüldü. İleri sürdüğü görüşler sebebiyle mahkûm oldu ve 1277 - 1292 yılları arası hapiste yattı.
Hapisten çıkınca, "Compendium Studii Theologiae" adlı eserini yazmaya başladı, fakat eserini bitiremeden 1294' de Oxford'da öldü.
Roger Bacon, Jül Sezar takviminin yanlış olduğunu farkeden ilk bilgindir. Ptolemaios sisteminin eksik taraflarını ortaya koydu. Optik alanında, ışığın yansıma kanunlarıyla kırılma olaylarını buldu. Küresel aynaların işleyişini inceleyerek bir gökkuşağı teorisi ortaya attı.
Gemi, araba ve uçak gibi birçok mekanik buluşun esaslarını açıkladı. Yazıları arasında, top barutunun formülü bulunduğu için, kendisine barutun mucidi gözüyle bakıldı (halbuki Bacon bu formülü Araplar'dan almıştı). Felsefî taşa (hacer-i felsefî) inanmasına rağmen bunu deney yoluyla araştırmaya yönelmedi.
Bacon, yenilikçi, açık düşünceli, herşeye ilgi duyan bir bilgindi. İlmin sonu olmadığını ileri sürer. Eskiçağ yazarlarına saygı duyardı. Deneye dayalı ilme çok önem verirdi.
