Sinir sistemi patolojisinde yeni bir çığır açtı. 1873-84 yılları arası Salpêtrière hastanesinde tam bir "patolojik anatomi" laboratuvarı ve müzesi kurdu. Orada verdiği dersler bütün dillere çevrildi :
"Yaşlılık Hastalıkları ve Kronik Hastalıklar Üstüne Dersler (1868-74)", "Sinir Sistemi Hastalıkları Üzerine Salpêtrière'de Verilen Dersler (1873-75)", "Karaciğer, Safra Yolları ve Böbrek Hastalıkları Üzerine Dersler (1877)", "Beyin ve Omurilik Hastalıklarında Lokalizasyon Üzerine Dersler", "Salpêtrière'de Verilen Sinir Sistemi Hastalıkları Dersleri (1884) (Ch. Féré tarafından yayınlandı)".
Semiolojide değerlerini ortaya çıkardığı birçok belirtiye ismi verilmiştir : Tabes'de "charcot artropatisi", Friederich hastalığında "charcot'nun tabeto-serebellöz seyri", alkolik felçte "charcot stepajı" gibi. Jean Martin Charcot 1893' de Settons gölü'nde tatildeyken vefat etti.
