Daha sonra, emilen gıda maddelerini taşıyan toplardamar kanı, karaciğerde süzülerek, bir önceki aşamada uzaklaştırılamamış zehirli bileşikler etkisizleştirilir veya daha kolay atılabilir hale getirilir. Kandaki faydalı-faydasız metabolizma artıkları ve karaciğerdeki filtreleme ürünleri böbrekler yoluyla atılır.
Vücuttaki başlıca zehirli ürünlerden olan karbondioksitin uzaklaştırılması ise akciğerler vasıtasıyla sağlanır.
