Irak, Yemen, Doğu Anadolu, Şam Trablus'u, Antalya, Bolu'da mutasarrıflık, Yanya, Adana, Hicaz'da valilik yaptı.
Yanya'da iken, Balkan harbine yakın günlerde sadarete yolladığı bir mesajda; "harbe girilmemesini çünkü Osmanlı ordusunun durumunun memleketi zafere ulaştırmaya uygun olmadığını" bildirdi. Bu ikaz iktidarın hiç hoşuna gitmedi.
Latin harflerini kullanmak isteyen Arnavutlar'a karşı İttihat hükümeti tarafından askerî sevkiyat yapıldığı ve Kuzey Arnavutluk ateş içinde kıvrandığı sırada, Güney Yanya'da vali olarak bulunan Mustafa Zihni Paşa; "latin harflerinin kullanılmasına engel olmayacağını" ilgililere bildirdi. Bu bildiriyle ateş güneye sıçramadı.
Bolu'daki mutasarrıflığı sırasında, hilâfetin Osmanlı hanedanına devredilmiş olmasının tarihî bir realite olmadığı yolunda bir eser yazdığı haber alınarak Kastamonu'ya sürüldü ve 2,5 sene sürgün hayatı yaşadı. Babanzâde Mustafa Zihni Paşa, 1929' da İstanbul'da vefat etti.
Eserleri : "İslâm'da Hilâfet", "Kuvayı Maneviye", "İlim ve İslâm", "Tevsii Mezuniyet".
