Dârülfünun İlâhiyat fakültesi "tasavvuf tarihi" müderrisliğine tayin edildi. "Umumî Felsefe" ve "felsefe tarihi" profesörü oldu. Bir ara Medresetül İrşad'da "felsefe" dersleri verdi.
1. Dünya savaşında, "Istılah encümeni" azalığına seçildi. Ankara'da Millî hükümetin kuruluşundan sonra, Tetkikat ve Telifatı İslâmiye heyetinde çalıştı. Harbiye mektebinde "ahlâk felsefesi" ve Harp akademisinde "siyasî tarih" okuttu. Mehmed Ali Aynî, 1945' de İstanbul'da vefat etti.
Başlıca eserleri : "Hüccetül İslâm (1907)", "İlim ve Felsefe (1913)", "Tasavvuf Tarihi (1922)", "İbni Sina'da Tasavvuf", "Reybîlik, Bedbinlik, Lâilâhîlik Nedir? (1922)", "Hacı Bayram Velî (1924)", "Dârülfünun Tarihi (1930)", "İbni Arabî'nin Felsefesinin Zübdesi (Fransızca - 1926)", "Türk Ahlâkçıları (1939)", "Abdülkadir Geylânî (Fransızca - 1939)", "Milliyetçilik (1944)".
