Hekimliği, Süleymaniye medresesinde öğrendi. 2. Mahmud devrinde Eski Saray'a hekim oldu. Sonra, Asakiri Hassa hekimbaşılığı yaptı.
Kendisine, 2. Mahmud ve Abdülmecid zamanlarında üç defa hekimbaşılık vazifesi verildi. Ayrıca padişahların Anadolu ve Rumeli kazaskerlikleri payesini ve öncelikle "reisülulema" ünvanını aldı. Maarif meclisi üyesi oldu. Sonra, Mektebi Tıbbiye nazırlığına getirildi.
Tıbbiyeyi ıslah projesi içinde; tıphane ile cerrahhane birleştirildi ve Topkapı Sarayı içindeki Otlukçu kışlasından çıkarılıp, Enderun ağaları için yapılmış olan Galata Sarayı'na götürüldü. Bu değişiklik Türk tıp tarihinin en önemli olaylarından biridir.
Yine önemli bir adım olarak; Abdülhak Molla, bu sırada Padişahtan anatomi derslerinin kadavra üzerinde okutulması için özel izin çıkardı. Ayrıca salgın hastalıklara karşı karantina teşkilâtı kurdu ve mecburî çiçek aşısı yapılmasını sağladı.
Sultan Abdülmecid fermanıyla kendisine Bebek'te bir yalı verildi. Burada bir de eczanesi vardı ve kapısına "Ne ararsan bulunur derde devadan gayrı" mısraını yazdırarak unutulmaz bir nükte bırakmıştı. Abdülhak Molla, 1853' de İstanbul'da vefat etti.
İyi bir divan şâiriydi. 2. Mahmud'un Rami kışlasında bulunduğu zamana ait "Tarih-i Liva" adlı tarih ile yine 2. Mahmud'un hastalığına ait müşahadeleri toplayan "Ruznâme"si basılmadı. Kardeşi Mustafa Behçet Efendi ile yazmaya başladıkları "Hezar Esrar" adlı hekimliğe dair bir eseri de 850. sayıda kaldı. Kitabı tamamlamak ve bastırmak, oğlu, tarihçi ve hekim Hayrullah Efendi'ye kaldı (şâir-yazar Abdülhak Hamid'in babasına).
