İttihad ve Terakki cemiyeti üyeleriyle tanıştı. Tiflis'e döndükten sonra; İsmail Gaspralı, Hüseyinzade Ali, Ali Merdan Topçubaşı, Hasan Bey Zerdanî, Şahtahtlı Mehmedağa ile beraber millî uyanış hareketi çalışmalarında bulundu.
Rus makamlarına karşı Türk halkının haklarını savunmak için yayınlanan Rusça "Kapsi" ve Türkçe "Şarkî Rus" gazetesine yazılar yazdı. Bu yıllar Azerbaycan'ın en karanlık yıllarıydı. Rusya'da 1905 inkılâbından sonra Azerî aydınları; Türkçe gazete, dergi yayınlamaya, okul ve dernek gibi kültür kurumları açmaya çalıştılar (1906).
Zerdanî ile "Hayat" gazetesini kurdu. "İrşad", "Terakki" ve "Füzuyat"ı yayınladı. Böylece Azerbaycan uyanış hareketi 2. safhasına giriyordu. Türklerin hukukunu savunacak "Difaî" adlı siyasî derneği bu devirde kurdu.
Mayıs 1909' da Türkiye'ye geldi ve Maarif nezaretine müfettiş oldu. İttihad ve Terakki fırkasına girdi. "Hikmet", "Sebilürreşat" ve "Jeune Turc" gazetelerine Fransızca makaleler yazdı. Daha sonra "Tercüman-ı Hakikat" gazetesine başyazar oldu.
Ziya Gökalp, Yusuf Akçura ve şâir Mehmed Emin Yurdakul ile "Türkçülük" cereyanına katıldı. "Türk Yurdu" dergisini kurdu, "Türk Ocağı"nda çalıştı. Ekim 1909' da Dârülfünun'da, "Rusça" ve "Türk-Moğol Tarihi" öğretmenliğine tayin edildi.
1912' de Afyonkarahisar milletvekili ve İttihad ve Terakki fırkası, umumî merkez üyesi oldu. Rus ihtilâli ve Rusya'daki Türkler'in millî hareketleriyle ilgili olarak hazırlanan "bağımsız milletler" kongresine katıldı (Moskova, Mayıs 1917).
1917' de Kafkasya'ya gönderilen ordunun siyasî müşaviri olarak Azerbaycan'a gitti. 1918' de İstanbul'a döndüğü zaman, İttihad ve Terakki Fırkası diğer ileri gelenleri ile Malta'ya sürüldü. 1921' de serbest bırakılınca Anadolu'ya geçti.
Önce İstişare heyetine tayin edilip, vazifeli olarak Karadeniz sahillerine ve Doğu illerine gönderildi. Daha sonra Ankara'da "matbuat umum müdürü" oldu. 1923' den sonra, 2. ve 3. devre Büyük Millet meclisinde Kars milletvekili olarak bulundu. Aynı zamanda Ankara Hukuk fakültesinde "Hukuk-u Esasiye" öğretmenliği, "Hâkimiyeti Millîye" gazetesinde başyazarlık yaptı.
"Serbest Cumhuriyet Fırkası" kurucuları arasına katıldı ise de parti dağıldıktan sonra siyasî hayattan çekildi. İstanbul Dârülfünunu'na "Hukuk Tarihi" müderrisi tayin edildi. "Akın" gazetesini kurdu. 1933' de emekliye ayrıldı. 1939' da İstanbul'da vefatına kadar yazarlık yaptı.
Ahmed Ağaoğlu, bütün kültür ve politika hayatını Türk milliyetçiliği, fikir hürriyeti için mücadeleyle geçirmiştir. İlmî ve siyasî eserleri vardır. Bazı eserleri vefatından sonra basıldı.
Kitap halinde basılan eserleri : "Şiî Mezhebi ve Menbaları (1892)", "İslâm ve Ahund (1900)", "İslâm'a Göre ve İslâm Âleminde Kadın (1901)", "Üç Medeniyet (1920, Malta'da yazıldı)", "Hindistan ve İngiltere (1927)", "Serbest İnsanlar Ülkesinde (1931)", "Devlet ve Fert (1939)", "Etika (1931, Kropatkin'den tercüme)", "Ben Neyim? (1939)", "Türk Teşkilât-ı Esasiyesi (Ankara Hukuk fakültesi yayınlarından)", "Türk Hukuk Tarihi (1941, İstanbul üniversitesi yayınlarından)", "Gönülsüz Olmaz (1942)", "İhtilâl mi, İnkılâp mı? (1942)".
