1846' da Amerika'ya gitti ve oraya yerleşti. Cambridge üniversitesine bağlı "Bilimler" okulunda zooloji ve jeoloji kürsüsünde görevlendirildi. "Fosil Balıklar Üzerine Araştırmalar (1833-42)" adlı eseri, balık tarihi konusunda temel bir kitaptır. "Orta Avrupa Tatlı Su Balıklarının Tabiî Tarihi"nde embriyojeniye geniş yer verdi.
Glasyoloji'ye (buzul bilimi) ait önemli araştırmalar yaptı. Sapkın blokların buzullar tarafından taşınmasının, tarihî zamanlardan önceki bir devreye çıktığını ilk olarak o gösterdi ve bu devreye "buzul çağı" adını verdi.
Charpentier ile buzullar teorisinin kabul edilmesine çalıştı. 1859' da, Fransız enstitüsünün "fizik ilimleri büyük ödülü"nü kazandı. Kendisine Muséum'da, Orbigny'nin kürsüsü teklif edildi. Amerika'da kalmayı tercih eden Louis Agassiz, 1873' de Cambridge'de öldü. Oğlu Alexandre Agassiz de (1835 - 1910) tabiat bilimciydi.
