Kapıdan girilen avluda dış oğlanların oturmasına mahsus odalar ve tavlalar yer alır. Az ilerdeki bir kapıdan iç avluya girilir. Avlunun solunda iç oğlanları ve müstahdemlere ait odalar ve koğuşlar, aşağıda ise beyliğin divan odası bulunur.
Cephenin ortasında dar, yüksek ve kaba tarzda nakışlar ve oymalarla süslenmiş, harem dairesi yer alır. Bunun üzerindeki, İshak Paşa hakkında beyitler yazılı kitabede, yapım tarihi olarak Hicrî 1199 gösterilmektedir.
Kapının iki yanına iki arslan heykeli konulmuştur. Beylik divan odasına giden koridora açılan kapı yanında, İshak Paşa ve zevcesinin gömülü bulunduğu ve merdivenle inilen mezarın girişi vardır. Beylik divan odası, pencereleri avluya bakan ve sonunda kapılar bulunan 30 x 20 metre kadar dikdörtgen bir odadır.
Büyük kapısının sağ tarafında, duvarın içine dar, önü pervazlı, loş bir kovuk oyulmuştur. Derebeyler burada oturarak divanı dinlerlerdi. Buradan harem dairesine bir mabeyn kapısıyla geçilir. Mabeyn dairesinde bir cami vardır.
Harem dairesindeki camlı divan, dışarıyla ilgisi olmayan, ışığı tavandaki camlardan alan ve duvarlarında türlü nakışlar ve beyitler bulunan bir yerdir. Mutfak, kiler ve fırın harem dairesindedir. Sarayın iki kurnalı hamamı vardır.
Saray, genel olarak bir kattan meydana gelmesine rağmen, harem dairesi iki kattır; ikinci kat tamamen yıkılmıştır. Bu yapı ile Topkapı Sarayı'nın teşkilâtı arasında bazı benzerlikler vardır. Sarayın yapılışı, Selçuk mimarîsinin Ahlat Mektebi'ni hatırlatır.
Sarayın girişindeki kapı, sivri kemerli ve Selçuklu medrese ve kervansaraylarındaki gibi, kornişlerle süslüdür. Küçük caminin kubbesi, Türkistan kubbelerini hatırlatan dört köşe bir plan üzerine oturtulmuştur. Binanın, dört duvarının köşesinde ve kubbe kasnağı yüksekliğinde küçük kubbelerle örtülü sekiz köşeli dört küçük kule vardır.
