Bir süre İngiltere'de "göğüs cerrahîsi" ve "anesteziyoloji" alanında çalıştı (1948-49). Heybeliada sanatoryumu cerrahî uzmanlığına, sonra da Bursa-Uludağ sanatoryum başhekimliğine ve operatörlüğüne atandı (1951).
Haydarpaşa Göğüs Hastalıkları hastanesinde, İstanbul Göğüs Cerrahîsi merkezini kurmakla vazifelendirildi (1961). Yeni kurulan bu merkeze "başhekim" ve "cerrahî servisi şefi" oldu. Türkiye'de ilk açık kalp ameliyatlarının yapılmasını sağladı (1963). Kalp nakli denemesi yaptı (1969).
1969' da Yüksek Sağlık şûrası üyeliğine seçilerek 1973' de profesör oldu. 1983' de emekliye ayrılan Siyami Ersek, 1993' de İstanbul'da vefat etti.
