Okul binalarından ayrı, Gülhane parkı içinde bir doğumevi (velâdethane) yaptırmayı başardı. Bir durgunluk içine giren "Hilâl-i Ahmer (kızılay)" cemiyetini tekrar harekete geçirdi. "Veremle Mücadele", "Çocuk Esirgeme" ve "Süt Damlası" cemiyetlerini kurdu. Binlerce tıp talebesine modern doğum bilgisini öğrettiği gibi, "ebe" yetiştirmek üzere, Tıp fakültesine bağlı bir de okul açtı.
1908 Meşrutiyetinde rütbesi albaylığa indirildi. 2. Abdülhamid devrinde olduğu gibi, Meşrutiyetten sonra da padişah sarayına yakınlığını ve halk arasında "paşa" unvanını muhafaza etti. 1909' da fakülte haline getirilen Tıbbiye'ye, Cemil Paşa'dan sonra seçilen ikinci dekan oldu (1911).
1919' da 4 fakülteden ibaret Dârülfünun'a iki kez "emin (rektör)" seçildi. 1933 Üniversite reformunda kadro dışı kaldı, ondan sonra TBMM' nin 5. ve 6. dönemlerinde milletvekili oldu.
Türkiye'de doğum esnasında kadın ve çocuk ölümünü büyük nispette önlemiş tarihî bir şahsiyettir. İstanbul Belediyesi 1939' da Haseki hastanesinin bahçesine onun bir heykelini dikmiştir. Besim Ömer Akalın, 1940' da Ankara'da vefat etti, naaşı İstanbul'a getirildi.
Akalın, doğum bilgisi dışında, geniş yayınlarıyla da memlekete hizmet etmiştir. Türk hekimlerini, kısmen de olsa ilk defa bir araya toplayan "Nevsal-i Afiyet (1889, 1900, 1904, 1906)" onun eseridir. Kendi dalına, çocuk hastalıklarına, hijyene dair yayınladığı kitapların sayısı 50' yi bulur.
Başlıca eserleri : "Sıhhatnümayı Aile (1886)", "Sıhhatnümayı İzdivaç (1887)", "Sıhhatnümayı Tenasül", "Üzüm ve Üzümle Tedavi (1891)", "Tabibi Etfal (1898)", "Hıfzıssıhha (1899, 1902, 1914)", "Çocuk Büyütmek (1925)", "Türk Çocuğu Yaşamalıdır (1936)".
