Bizanslılar şehri ellerine geçirince, bazı ilâvelerle camiyi kiliseye çevirdiler. 4. Haçlı seferi sırasında da Latinler İstanbul'u alınca camii, St. Hyacinthus ve Dominicus rahiplerine verilmişti (1232). Cenevizliler binaya "Saint-Dominicus" derlerdi.
Yapı, saf Müslüman sanatı özellikleri taşımaz. Roma ve gotik tarzda pencere ve sütûn başlıkları vardır. Ortaçağdaki çan kulelerine benzeyen ve içinde çan iskelesinin konulduğu delikler bulunan minare, Suriye'nin Şam şehrindeki Emevîye Camii'nin minarelerini andırır.
Pencere sütûn başlıklarındaki put ve kapı silmeleri, minarenin üst kısmını, Bizans ve Latinler'in yaptığını gösterir. Mihrabın gotik kemer ve pencereleri Latin devrine aittir. Türklere has kısım, sahın ile yanlardır.
2. Bayezid zamanında, İspanya'daki Benî Ahmer devletinin yıkılmasıyla İstanbul'a gelen Araplar, yapıyı Dominikenler'den alarak yenilediler ve "Arap Camii" adını verdiler.
2, Mahmud'un annesi camiyi tamir ettirdi (1808). Daha sonraki bir tamirde, döşemeden çıkan Latin mezar taşları müzeye taşındı (1913). Mihrap kısmından da freskler çıktı.
