Panama Cumhuriyeti geçici hükümetince 1903' de Amerika'ya "orta elçi" olarak gönderildi. Amerika dışişleri bakanı Hay ile kanalın açılmasını sağlayan bir anlaşma imzaladıysa da bu yola Amerika'nın el koyma hakkını da tanıdı.
1. Dünya savaşında, Verdun ordusuna ait su işleri müdürü oldu. Suyu arıtmak için, "verdünizasyon" adı verilen yeni bir usül buldu. Philippe Bunau-Varilla, 1940' da Paris'de vefat etti.
